Toen de parochie van Nuenen in 1496 een zelfstandige parochie werd – na afscheiding van de parochie van Gerwen – zijn er diverse pastoors en vervangers geweest. Volgens mgr. A.M. Frenken zijn de onderstaande personen als pastoor of plaatsvervanger (deservitor) actief geweest.
1496-? Henrick ‘s Greven aangesteld bij de wederoprichting van de parochie in 1496
1536-1551 Jan Driesmans, absent hij verbleef in Cortessem waar hij rector was van het Sint Andriesaltaar en stierf in 1551
1536 Henricus Verlamen deservitor
1537 Petrus ‘s Greven deservitor
1551-? Arnoldus Trocx benoemd door het kapittel van Cortessem op 30 maart 1551
1553 Arnoldus Snoex mogelijk pastoor maar waarschijnlijk deservitor
1553 Johannes Axelius residerend pastoor
1556-1580 Petrus Greven residerend pastoor; waarschijnlijk was hij in Nuenen geboren
1580 Johannes Henrix zijn pastoraat heeft maar enkele maanden geduurd
1581-1585 Jan Janssen van der Beeck residerend pastoor, waarschijnlijk in Nuenen geboren; berispt om zijn levenswijze
1585-1587 Johannes Segers kort pastoraat en na 1587 pastoor van Westerhoven
1587-1600 Mr. Henrick Geenkens waarschijnlijk uit Nuenen afkomstig maar was blijkbaar onregelmatig aanwezig
1600-1606 Henrick Janssen van den Venne hij heeft rond 1606 zelf als pastoor bedankt
1607-1632 Jan Janssen Cuypers geboren rond 1579 te Helmond, waar hij voorheen rector van het St. Nicolaasaltaar was
1633-1636 Folcoldus van Riel abdijheer van Berne en geboren te Nuenen; hij deed afstand in 1636
1636-1658 Adam de Gro(o)te, alias van Grotel geboren te Nuenen en moest al snel na zijn benoeming uitwijken naar Gemert en Boekel
de oude Clemenskerk aan de Tomakker in Nuenen op een schilderij van Vincent van Gogh
Na het ondertekenen van de Vrede van Münster in 1648 werd het uitoefenen van het rooms-katholieke geloof verboden en kwam de kerk in handen van de protestanten; dit duurde tot 1798 toen onder de Bataafse Republiek de kerk weer aan de katholieken werd teruggegeven, maar deze was toen helemaal in verval. Tijdens deze periode werden de katholieke erediensten gehouden in zogenaamde schuurkerken. De laatste (en derde) schuurkerk in Nuenen werd in 1824 in gebruik genomen en heeft dienst gedaan tot 1872.
Tekening van de laatste schuurkerk in Nuenen (ir. Max de Jonge)
Pastoors in Nuenen van 1648 tot aan het begin van de 19e eeuw
1658-1663 Egidius Royackers
1663-1683 Arnoldus Gerardi
1683-1703 Johan Royacker
1703-1724 Andreas de Lauwere hij was sinds 1710 tevens deken van het district Helmond
1724-1739 Egidius Franciscus Colen benoemd tot deken van het district in 1739 maar in hetzelfde jaar gestorven
1740-1763 Petrus Franciscus Verbeek
1763-1795 Henricus Raassens
1795-1816 Joannes Berkers
Bron: Het memoriaal der dorpen en parochies Gerwen, Nuenen en Nederwetten door A.M. Frenken, priester (1948)